سید مصطفی خمینی با دختر مرتضی حائری وصلت کرده اند.  خدیجه ثقفی، همسر امام خمینی(ره) درباره اینكه چگونه این وصلت صورت گرفته است، می‌گوید: «یک وقت شایع شد كه با آقا مرتضی حائری وصلت كرده‌ایم‌، به‌طوری كه مصطفی می‌گوید: وقتی آقای حائری از صحن حرم بیرون می‌آید، رفقا می‌گویند كه پدر زنت آمد. این شایعه به گوش آقا رسیده بود و یک شب آقا از من پرسید كه دختر آقای حائری را دیده‌ای‌؟ من هم كمی توضیح دادم‌. آقا گفت‌: چطور است این دروغ را راست كنیم‌؟ گفتم كه هرطوری صلاح می‌دانید. فردا صبح هم آقا پیغام فرستاده بود و ظهر، آنها جواب داده بودند و باز آقا پیغام داده بود كه همان شب بروند برای صحبت‌؛ بعد به ما خبر دادند كه مردها رفته‌اند و ما زن‌ها هم بعداً رفتیم و قرار عقد گذاشته شد.» این عقد در 24 سالگی سید مصطفی خمینی و در تاریخ 17 فروردین 1333 صورت گرفت.  آقا مصطفی در تحصیل علوم نیز بسیار کوشا بود.

مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی از آغاز فعالیت‌های سیاسی همواره مورد تهدید نیروهای امنیتی قرار داشت و با توجه به تلاش گسترده او جهت زنده نگهداشتن نهضت امام خمینی در ایران و عراق، از سوی مقامات ایرانی و عراقی شدیداً مورد توبیخ قرار گرفت. به همین جهت زمانی كه درگذشت ایشان منتشر شد برای هیچ یك از انقلابیون قابل قبول نبود كه فوت وی به صورت طبیعی اتفاق افتاده باشد، مضاف بر اینكه تا آن زمان نشانی از بیماری‌ جدی در او دیده نمی‌شد. به نوشته سایت مرکز اسناد انقلاب اسلامی یكی از اولین كسانی كه از شهادت مرحوم حاج مصطفی مطلع شد سید محمود دعایی بود. او اتفاقات شب و روز شهادت سید مصطفی خمینی را چنین شرح می‌دهد:

« آن روز صبح، من برای تهیه نان بیرون رفته بـودم. هـنـوز آفـتاب نزده بود، دیدم، ننه صغری كه بسیار مورد احـتـرام ما بود؛ فریاد می كشد و پای برهنه می دود و به سرش می زنـد. من از دیدن این صحنه بسیار متأثر شدم. پیرزن می گفت: خاك بر سرم شد، آقا بدو. من فوق العاده وحشت زده شدم و به ذهنم چیز دیگری آمد. گفتم؛ چی شده؟ گفت: آقا مصطفی مریض است. سراسیمه رفتم دیدم كه آن مرحوم پشت سجاده شان دراز كشیده‌اند.  ابتدا بسیار تلاش كردم با پزشكان بیمارستان نجف تماس بگیرم ولی ایـن توفیق را نداشتم، بلافاصله خود را به بیمارستان رساندم، آن هـا آن قـدر آمـادگی نداشتند كه یك آمبولانس بفرستند، این لحظات بـرای مـن بـسـیـار سخت می گذشت. آن جا تصمیم گرفتم این خبر را بـدون ایـن كـه ایجاد وحشت و نگرانی كند به منزل امام برسانم ـ ایـن طـور خبرها را باید خیلی حساب شده و به اصطلاح با ظرافت به بـسـتگان رساند ـ طلبه ای آن جا بود، به او گفتم:  به منزل امام مـی روی و فـقـط احمدآقا را خبر می كنی و می گویی خیلی فوری به مـنزل اخوی سر بزند. آن طلبه هم رفت و احمد آقا را صدا زد و ما مـوفـق شـدیم با یك تاكسی كه به زحمت می توانست به كوچه بیاید، ایـشـان را بـه بـیمارستانی منتقل كنیم. متاسفانه در بیمارستان پـزشـك كشیك پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفته اند.  بـا عـلائـمی كه روی پوست بدن وجود داشت، مشخص بود كه مرگ طبیعی نـبـوده است و ناشی از مسمومیت می باشد. در خارج از بیمارستانی كه حاج آقا مصطفی(ره) را به آن جا انتقال دادیم، یك ماشین نمره تـهـران بـود كـه پس از شنیدن خبر مرگ ایشان به طرف بغداد حركت كرد. در همان لـحـظـات اولیه كه امام از مرگ فرزند آگاه شده بودند. »

مقام معظم رهبری مرحوم سید مصطفی خمینی را یكی از شخصیت های بالقوه و بالفعل اسلام دانسته و تاكید كردند: «روزی كه ایشان شهید شدند، در حدود سنین 48 - 47  سالگی بودند و در آن سن جزء ممتازین كسانی بود كه در حوزه های علمیه قم ، نجف ، مشهد و... وجود داشت، بنده ایشان را به عنوان یك چهره برجسته حوزه علمیه قم از سالهای قبل می شناختم»

منع از فعالیت سیاسی
تنها پسر مصطفی خمینی، حسین نام دارد. او از ابتدای انقلاب به فعالیت‌های سیاسی پرداخت، فعالیت‌هایی كه با خط انقلابیون پیرو خط امام زاویه داشت. 
در سال 59 بعد از غائله ای در مشهد مسئولین کمیته با دفتر امام تماس می گیرند و پیغام به امام داده می شود که آقای سید حسین خمینی نوه شما در مشهد از بنی صدر دفاع کرده، مردم به او هجوم آوردند دست به اسلحه برده ما چه کار کنیم؟ امام به مرحوم آیت الله اشراقی می فرمایند که به مسئولین کمیته مشهد پیغام دهید که سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود و اگر دست به سلاحش برد او را با تیر بزنند.
امام خمینی در نامه ای به این نوه خود او را از ورود به عرصه سیاسی منع می کند و می نویسد که «من علاوه بر نصیحت پدری پیر، به شما امر شرعی می‌کنم که در این بازی‌های سیاسی وارد نشوی و واجب شرعی است که از این برخوردها احتراز کنی؛ من به شما امر می‌کنم به حوزه علمیه قم برگرد و با کوشش، به تحصیل علوم اسلامی و انسانی بپرداز».
حسین خمینی، پسر 46 ساله آیت‌الله مصطفی خمینی، بعد از فوت امام (ره) هم وارد سیاست شد ،در سال 1383 به ایالات متحده آمریكا و عراق سفر كرد و دیدارهایی هم در آن كشور داشت.

رابط امام و مردم
سید احمد خمینی دومین فرزند پسر سید روح‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران است. احمد خمینی در سال‌های پس از انقلاب در سازماندهی روابط روح‌الله خمینی با مسئولان نقش مهمی داشت. دفتر امام خمینی جایگاهی بود که در ادوار پرحادثه و پرخاطره انقلاب، کانون توجه دوست و دشمن بود. حاج احمد آقا با تأسی به پدر بزرگوار خویش و بهره گرفتن از شیوۀ مدیریت عالی امام، دفتری را مدیریت می‌کرد که با همه کوچکی فضا و کمی امکانات و نیروی انسانیش گسترده‌ترین و مطمئن‌ترین رابطه را بین امام و مردم و مسئولین برقرار ساخته و کاملترین خدمات اطلاعاتی و ارتباطی را به رهبری انقلاب ارائه می‌نمود.

صبحگاه روز 21 اسفند 1373 خبر بستری شدن یادگار امام، نخست موجی از نگرانی در جماران و دقایقی بعد در شهر تهران و پس از آن در سرتاسر ایران پدید آورد و پس از پنج روز، تلاش خستگی‌ناپذیر تیم پزشکی نتیجه‌ای نبخشید و «احمد خمینی» همان کسی که نامش، و یادش و تصویرش و فداکاریهای بیمانندش تا ابد در کنار نام مبارک «امام خمینی» در قلب و روح و روان عاشقان انقلاب اسلامی پرجلوه و پراثر باقی خواهد ماند، ندای حق را در شامگاه 25 اسفند 1377 لبیک گفت.
سید احمد خمینی از حامیان ولایت فقیه و رهبری حضرت آیت الله العظمی خامنه ای بود. او در سال ۱۳۶۹  از رهبر معظم انقلاب به عنون شاگرد امام خمینی یاد می کند و با بیان اینکه هیچکس حق شکستن حریم رهبری را ندارد و از همه خواست تا به دستورات رهبری عمل کنند و گفت: ما امروز موظف هستیم پشت سر مقام رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای حرکت کنیم. هر چه ایشان گفت گوش کنیم، اگر روزی حرکت ما با حرکت ولی نخواند، بدانید که نقص از ماست... اطاعت از خامنه‌ای، اطاعت از امام است. هر کس منکر این معنا شود، مطمئن باشید در خط امام نیست و هر کس بگوید که اطاعت از امام غیر از اطاعت از حضرت آیت‌الله خامنه‌ای است در خط آمریکاست. من بعد از رحلت امام، با خدا و امام عهد کرده‌ام که کوچکترین قدمی را علیه رهبری و برخلاف رهبری و حتی برخلاف میل رهبری برندارم.

حاج احمد آقا در دوران پربرکت زندگیشان خدمات گسترده ای را به اسلام و انقلاب انجام دادند. اما بویژه در دوران حیات امام خمینی (ره) همواره در معرض خبرسازی ها و سوء تبلیغات ضد انقلاب و دشمنان کشور قرار داشت. رویه ای که بعدها نیز برای فرزندان رهبر معظم انقلاب هم دنبال شد.

فرزندان حاج احمد
حاج احمد از خود سه فرزند به نام‌های سید حسن خمینی، سید یاسر خمینی و سید علی خمینی به جا گذاشت. پسر بزرگ وی سید حسن خمینی است که اکنون تولیت آرامگاه روح‌الله خمینی را بر عهده دارد. همسر او سید فاطمه طباطبایی دختر آیت الله العظمی سلطانی طباطبایی (ره) از سادات طباطبایی بروجرد است که  آثار خمینی را جمع‌آوری نموده‌است.

سید حسن خمینی تولیت آستان مقدس حرم حضرت امام خمینی ره را برعهده دارد. در انتخابات ریاست جمهوری نامی از او برای حضور در انتخابات به میان می آید و اما به گفته خودش « این شایعات همیشه مطرح بوده و ما هم نمی‌توانیم مداوماً تکذیبیه صادر کنیم.»

نام سید یاسر خمینی سید یاسر خمینی از سال ۸۸ و پس از انتخابات ریاست جمهوری دهم بواسطه دیدار با زندانیان حوادث پس از انتخابات در رسانه ها پررنگ شد. او با سیده حورا صدر، دختر سید محمد صدر ازدواج کرده‌است.

 
سید علی خمینی کوچکترین فرزند سید احمد خمینی و داماد سید جواد شهرستانی است که خود داماد آیت‌الله سیستانی، از مراجع تقلید شیعه‌است. عمده سرشناسی وی به دلیل وجود تصویری از وی با امام خمینی در اواخر عمر او است.